中国（海南）国际贸易“单一窗口”按照“国家标准版+海南特色”的建设思路，包含中央标准版应用和海南特色应用两大板块。

中央标准版应用板块，涵盖企业管理、监管证件、原产地证、进口配额、运输工具、舱单申报、货物申报、税费办理、加贸保税、检验检疫、物品通关、跨境电商、出口退税、口岸物流、服务贸易、综合服务、金融服务等功能模块。其中，核心业务服务包括：

货物申报服务，主要包括货物申报、集中申报、转关单申报、报关代理委托、减免税、通关无纸化协议、报关单证查询打印、危险货物申报等功能应用。

运输工具服务，主要包括国际船舶、航空器、公路运输工具、铁路运输工具、邮轮等运输工具申报功能应用，实现运输工具的备案管理和进出境申报。

舱单申报服务，主要包括海运舱单、空运舱单、邮运舱单、旅客舱单等舱单申报功能应用，实现原始舱单、预配舱单、理货报告、运抵报告的申报。

海南特色应用板块，涵盖资质备案、电子账册、物码溯源、离岛免税、空港物流、海港物流、智慧关务等功能模块，为企业提供享受海南自贸港特色优惠政策的服务。其中，核心业务服务包括：

资质备案服务，包括“零关税”享惠主体备案、加工增值企业资质备案、自产货物认定备案、航空器及船舶暂时出境维修返岛资质备案等功能应用，为企业提供海南自贸港特色业务资质备案服务。

电子账册服务，包括零关税物流账册、零关税加工账册、区外保税加工增值账册等封关运作后自由贸易港电子账册管理功能应用，为享惠企业提供加工增值30%（含）免关税、货物岛内销售、货物岛内结转、岛外销售等业务服务，助力企业享受海南自由贸易港封关运作政策。

贸易便利化服务，提供智慧关务、空港作业电子化、码头无纸化作业等便利化功能应用，为企业提供申报便利化支持。（据《海南自由贸易港封关百问》）